1. Kĩ thuật bảo quản giống cấp 1 Đối với những loài nấm có hệ sợi mảnh, sinh trưởng chậm (nấm rơm, nấm mỡ), các ống giống cấp 1 không nên bảo quản trong tủ lạnh hoặc tủ mát. Vì nhiệt độ quá thấp, hệ sợi nấm sẽ ngừng sinh trưởng, đồng thời do hệ sợi nấm mảnh yếu nên nếu thời gian bảo quản kéo dài hệ sợi nấm rất dễ bị chết, hoặc quá trình phục hồi sau giai đoạn bảo quản sẽ kém, chất lượng giống giảm. Đối với những loại nấm này, chúng ta nên bảo quản ở phòng mát có nhiệt độ từ 18-22°C. Quá trình bảo quản giống nấm nhằm làm chậm sự sinh trưởng của hệ sợi giống nấm, tuy nhiên trong điều kiện lạnh hệ sợi nấm có thể bị chết hoặc bị nhiễm do nút bông bị dính nước, vì thế phải định kỳ kiểm tra giống bảo quản 1 tháng 1 lần để loại bỏ những ống giống bị nhiễm, bị chết sợi. Giống nấm bảo quản trong tủ mát cần được lấy ra môi trường nhiệt thường từ 2-3 ngày để hệ sợi nấm dần hồi phục. Sau đó, mới sử dụng những ống giống này cấy sang môi trường nhân giống cấp 2. 2. Kỹ thuật bảo quản giống cấp 2 Những chai giống nấm không dùng hết có thể bảo quản trong tủ mát để dùng cho lần sau. Đối với hầu hết các loài nấm (trừ nấm rơm), nhiệt độ bảo quản tốt nhất từ 5 - 10°C. Tuy nhiên, thời gian bảo quản giống cấp 2 không quá 30 ngày. Vì nếu để quá lâu, hạt giống sẽ bị nát (đối với giống linh chi), hoặc xuất hiện mầm quả thể (đối với nấm đầu khỉ), hoặc bị khô lại (đối với nấm hương, nấm sò, nấm mộc nhĩ). Trước khi sử dụng giống bảo quản nên bỏ chai giống ra môi trường ngoài 3-4 ngày để giống hồi phục dần về trạng thái bình thường đồng thời cần đánh giá xem hạt giống bên trong có bị ướt, mốc hoặc có hiện tượng lạ gì không trước khi cấy sang môi trường cấp 3.
